Ледник Ганготри расположен над истоком Ганги ледяной пещерой Гомукх и лежит между высокогорными долинами Тапован и Нанданван на высоте около 4-4.200 метров над уровнем моря.
Ледник Ганготри занимает площадь около 24 кв. км., но он тает и последние годы тает слишком быстро.